18S/ITS测序
18S rDNA/ITS扩增子测序
微生物ITS基因是对真菌进行系统发育和分类研究时最常用的分子标志物，广泛应用于微生物生态学研究中。近年来随着高通量测序技术及数据分析方法的不断进步，大量基于ITS基因的研究使得真菌群落生态学得到了迅速发展。真菌的ITS基因相比18S rRNA基因而言整体的变异性更强，因而物种间的序列差异会更大，分类信息会更加详尽一些，所以被广泛应用于真菌系统发育和分类的分子标记。罗宁生物ITS测序采用Illumina测序技术的分析平台，具有高通量、高精度、极佳重现性和测序成本低等特点，目前已成为研究环境微生物群落组成和多样性的主流方法。
18S rDNA测序：18S rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。在结构上分为保守区和高变区，保守区反映生物物种间的亲缘关系，高变区反映物种间的差异。
18S rRNA基因序列组成及引物选择
ITS测序：ITS分为两个区域：ITS1/ITS2，其中ITS1位于真核生物核糖体rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于真核生物核糖体rDNA序列5.8S和28S之间。对ITS1或者ITS2进行测序，进一步做环境微生物中真菌多样性分析。
ITS基因结构示意图及引物选择
引物信息
技术参数
测序平台 Illumina Miseq / Hiseq 2500
测序深度 5,000-30,000条Tags
分析内容
| 序列拼接 | Tags过滤 | 去嵌合体 | OTU聚类分析 | |
| 物种分类注释 | 物种丰度热图 | 进化树重构建 | 组间差异分析 | |
| Alpha多样性 | Beta多样性 | PCA | PCoA | |
| NMDS | RDA/CCA | Network分析 | Machine Learning | |
| 其它定制分析 | ||||
项目周期 35-40个自然日
样品要求
1. 新鲜样本 （请使用干冰运送）
土壤、淤泥、沉积物， 大于2g
水体样本， 2-5L水样过滤后的滤膜
拭子样本， 大于2个
2. 纯化核酸样本 （请使用干冰或冰袋运输）
纯化DNA样本，浓度大于5ng/μl（如使用NanoDrop测定浓度，浓度值大于10ng/μl)，总量大于150ng。核酸样本主带明显，无降解，无RNA或蛋白质污染。
PCR产物浓度大于25ng/μl，总量大于400ng。样本条带单一，无降解，无引物二聚体。
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