功能基因测序
功能基因扩增子测序
生物多样性对生态系统功能与服务至关重要,物种共存机制在多样性与生态系统功能关系的行程中扮演者十分重要的角色。微生物在全球生物地球化学循环中发挥着众多重要功能,越来越多的研究证明微生物的群落结构、多样性与其功能具有紧密联系。微生物参与不同代谢途径的功能基因也有大量研究,如厌氧氨氧化的amoA、硫酸盐还原的dsrB。通过研究功能基因在整个群落或群体中的变异情况能够部分的探索功能群相关信息。罗宁生物通过二代测序根据客户的研究需求,对指定一个或多个功能基因的扩增子片段进行测序及生物信息学分析,从而更加全面的对功能类群的物种和功能多样性、群落组成特征及时空变化规律进行更加深入的研究。
引物信息
技术参数
测序平台 | Illumina Miseq/Hiseq 2500 | |||
测序模式 | 150PE/250PE/300PE | |||
分析内容 | 根据客户需求订制 | |||
参考数据库 | RDP FunGene | |||
分析参考基因(部分) | LSU/SSU | dsrB | amoA | nxrA |
narG | nirK | nirS | nosZ | |
cbbL/cbbH | nifH | 其他基因测序请来电咨询 | ||
项目周期 | 35-45个工作日 |
样品要求
样品类型: | 样本总DNA或PCR产物 | |||
样品需求量: | 大于300ng | |||
样品浓度: | 大于30ng/μl | |||
样品纯度: | OD260/280=1.8-2.0 | OD260/230大于1.0 | ||
其他要求
1.DNA样品需要有明显主带,无降解,无RNA、蛋白质等污染; | ||||
2.PCR产物大小需小于450bp; | ||||
3.PCR产物须切胶纯化,确保条带单一、无降解、无引物二聚体; | ||||
4.送样前请与销售代表联系确定送样条件。 | ||||